De beveiliging van een webapplicatie kan op diverse manieren worden geregeld. Standaard wordt elke webapplicatie voorzien van een ssl certificaat. Hiermee wordt de overdracht van de gegevens versleuteld. Dit kan worden aangevuld met het encrypten van gevoelige (privacy) gegevens, zoals persoonsnummers of geboorte data. Daarnaast is het mogelijk om er voor te zorgen dat de webapplicatie achter een wachtwoord komt te staan. Ook kan de applicatie worden geïsoleerd. Dit kan middels een VPN. Alleen mensen die toegang hebben tot de VPN, hebben toegang tot de applicatie. Ook is het mogelijk de webapplicatie te installeren op een lokaal netwerk.
